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Uncharted Territory

自分が読んで興味深く感じた英文記事を中心に取り上げる予定です

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日本はHiSeq X Tenを持っているの?

 


先週末のフィナンシャルタイムズにCraig Venterが登場していて彼が今月に新しい会社を立ち上げたことを知りました。日本語のプレスリリースはこちら。日本円で70億円を調達して、最新鋭の機器を2台すでに購入しているそうです。


Human Longevity Inc. (HLI) Launched to Promote Healthy Aging Using Advances in Genomics and Stem Cell Therapies
HLI is Building World’s Largest Genotype/Phenotype Database by Sequencing up to 40,000 Human Genomes/Year Combined with Microbiome, Metabolome and Clinical Data to Develop Life Enhancing Therapies
HLI has Purchased Two Illumina HiSeq X Ten Sequencing Systems

SAN DIEGO, CA (March 4, 2014)—Human Longevity Inc. (HLI), a genomics and cell therapy-based diagnostic and therapeutic company focused on extending the healthy, high performance human life span, was announced today by co-founders J. Craig Venter, Ph.D., Robert Hariri, M.D., Ph.D., and Peter H. Diamandis, M.D.
The company, headquartered in San Diego, California, is being capitalized with an initial $70 million in investor funding.

普通の研究所では1台がやっとのところを2台購入し、うまくいけばさらに三台購入するそうですね。

HLI has initially purchased two Illumina HiSeq X Ten Sequencing Systems (with the option to acquire three additional systems) to sequence up to 40,000 human genomes per year, with plans to rapidly scale to 100,000 human genomes per year. HLI will sequence a variety of humans—children, adults and super centenarians and those with disease and those that are healthy.

HLIは年間最大4万人のヒトゲノムのシークエンシングを行い、年間10万にまで早急にスケールアップする計画なので、最初に2基のイルミナHiSeq X Ten シークエンシング・システムを(3基の追加システム購入のオプション付きで)購入した。HLIは多様な人(子供、成人、100歳代の超高齢者、病人と健康な人)のシークエンシングを行う。

この装置については全く知りませんでしたが、1月に発表されたばかりでNatureでも大きく取り上げていました。

Is the $1,000 genome for real?
With the release of the HiSeq X Ten, genetic-sequencing company Illumina attempts to cement market dominance.
Erika Check Hayden
15 January 2014
Natureの記事によると一台10億円のようです(汗)

So, genomes for everyone, right?
Well, no. The HiSeq X Ten system is available only as a combination of at least 10 HiSeq X systems, for a total cost of at least $10 million. And few customers have the volume of samples necessary to make that investment worthwhile. “It's a good deal if you can play in this game,” says Chad Nusbaum, co-director of the sequencing program at The Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard in Cambridge, Massachusetts, one of the world's sequencing heavyweights and one of the three customers already signed up for the HiSeq X Ten. “It's like the high-stakes poker table: if you're playing $200 a chip, people who can't afford those chips don't care.”

Illumina社は中国のメーカーとしのぎを削っているようですね。

How will this affect the sequencing market?
The HiSeq X Ten seems squarely aimed at undermining the Chinese sequencing powerhouse BGI-Shenzhen, formerly the Beijing Genomics Institute, which is trying to establish itself as a sequencing service provider and which last year bought the company Complete Genomics with an eye towards providing outsourced genome sequences. Nusbaum estimates that the genomes produced by BGI will cost customers in the low thousands of dollars.

Flatley also announced yesterday a new desktop sequencer, the NextSeq 500. It costs $250,000 — comparable to Ion Torrent's desktop sequencer, the Ion Proton — and seems designed to compete with it. But so far Illumina does not have a riposte to technology promised from Oxford Nanopore, which if it lives up to its billing will be fast and cheap not just for human-genome sequencing but also for other applications, such as sequencing microbes in metagenomics. So although the new machines may consolidate Illumina's hold on the mid to high ends of the sequencing market, scientists are still hungry for a machine that can do fast, cheap sequencing on everything — and for everyone.

下記がプレスリリースですが、1月の段階では、3つの施設でしか購入していなかったようです。

イルミナがHiSeq X™ Tenシーケンスシステムを発表
世界で初めて1000ドルゲノムの壁を破り、集団学および疾患研究のための生産規模のシーケンス能力を可能に
(当リリースは、Illumina Inc., が2014年01月14日付けで発表した英文プレスリリースを日本語に翻訳したものです。プレスリリースの正式言語は英語であり、その内容・解釈については英語が優先します)

2014年1月14日サンディエゴ (BUSINESS WIRE)――イルミナ・インク(NASDAQコード:ILMN)は本日、ヒトゲノム1000ドルの壁を破りました。これは新しいHiSeq X Tenシーケンスシステムで達成可能です。このプラットフォームは驚異的なテクノロジーのブレイクスクールをもち、1つの施設で1年間に数万サンプルの処理能力を提供することで比類ない規模の研究を可能にします。この変革的なHiSeq X Tenシステムの初期導入顧客は、世界をリードする次世代シーケンサー受託解析サービスを韓国ソウルにもち、米国メリーランド州ロックビルでもCLIAラボをもつMacrogen、米国マサチューセッツ州ケンブリッジにあり世界をリードするゲノム医学施設であるBroad Institute、そしてオーストラリアのシドニーに位置しバイオ医学研究をリードするGarvan Institute of Medical Research です。

しかしながら会社のプレスリリースによると、2月と3月では中国の会社が1台ずつ購入しているようです。日本の会社・研究施設の発表はありませんでした。

Novogene社、イルミナのHiSeq X Tenシーケンスシステムを取り入れる
中国で初めてのHiSeq X Ten受注により、Novogene社におけるイルミナの次世代シーケンサーテクノロジーへの投資が増加
(当リリースは、Illumina Inc., が2014年02月13日付けで発表した英文プレスリリースを日本語に翻訳したものです。プレスリリースの正式言語は英語であり、その内容・解釈については英語が優先します)

2014年2月13日サンディエゴ(BUSINESS WIRE)--イルミナ・インク(NASDAQコード: ILMN)は本日、中国の北京に拠点を置くゲノミクスサービスの供給大手であるNovogene社(www.novogene.cn)がHiSeq X Tenを購入したと発表しました。この戦略的投資により、すでに所有しているHiSeqおよびMiSeqに加えて、Novogene社におけるイルミナ次世代シーケンサーシステム能力は拡大することになります。
Novogene社のCEOであるRuiqiang Li博士によれば、「HiSeq X Tenによって、集団規模のシーケンス解析が可能となり、癌ゲノム研究とヒト疾患遺伝子のマッピングを行う能力が拡大することでしょう。」


WuXi PharmaTech Purchases an Illumina HiSeq X Ten Sequencing System

SAN DIEGO & SHANGHAI--(BUSINESS WIRE)--Mar. 10, 2014-- Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN) and WuXi PharmaTech (Cayman) Inc. (NYSE:WX), a leading pharmaceutical, biotechnology, and medical device R&D outsourcing company with operations in China and the United States, today announced that the WuXi Genome Center has purchased an Illumina HiSeq X Ten sequencing system.
This new investment will enable WuXi’s clinical genomic services to expand from the current target panel, exome, and transcriptome scale sequencing to population genome scale sequencing. It puts the world’s most advanced gene sequencing capability in the hands of the leading pharmaceutical R&D services company in the Asia Pacific region
.

日本ではどうなのでしょうか。理研のページで検索してみると、旧世代のHiSeq 1500で研究しているようですね。

発生・再生科学総合研究センター
ゲノム資源解析ユニット
ユニットリーダー 工樂 樹洋 (Ph.D.)


──ゲノム資源解析ユニットには現在、 どのような装置があるのですか。
工樂:次世代シーケンサーは、ロシュ 社の454 FLX+とイルミナ社のHiSeq 1500です。そのほか、従来からのサ ンガー型シーケンサー、遺伝子発現プ ロファイリングを行うためのリアルタ イムPCRやセルソーサーなどです。 ──メンバーは。 工樂:私と、テクニカルスタッフ5人、 ポスドク研究員(4月より専門職研究 員)1人、アシスタント1人です(図1、 2)。テクニカルスタッフたちは、5年、 10年と長い経験を持つベテランばかり です。彼らはゲノム資源解析ユニット、 そしてCDBの貴重な財産だと思ってい ます。

下記の電話会議ではベンターは今年は100人の採用を予定しているとありました。理研のチームは10人ちょっとですから、数でも装置でも完全に負けていますね。。。。

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